SFFE er et virtuelt senter som eies av NTNU, SINTEF og IFE, og gjennom disse er knyttet opp til flere hundre forskere innen fornybar energi. Senteret er til stede i flere av avdelingene til eierne, og har gjennom ledergruppen gode kontakter i mange ulike fagmiljøer.

Senter for Fornybar Energi ble etablert i 2004, og var først et samlende organ for NTNU og SINTEF. I desember 2005 ble IFE en likeverdig partner i SFFE.

SFFEs driftes til daglig av en koordinator, i samarbeid med ledergruppen. Koordinator og leder sitter på kontor på NTNU i Trondheim, ved Hovedbygget på Gløshaugen.